El Seminario de Jericó se abrió y empezó a funcionar el 10 de abril de 1916, gracias a la gestión hecha por Monseñor Álvaro Obdulio Naranjo Orozco, Vicario General y fundador de la Diócesis de Jericó. El contrato celebrado entre el Ilustrísimo Señor Doctor Don Maximiliano Crespo, Obispo de Antioquia y Administrador Apostólico de Jericó, y el Reverendo Padre Mathurín Jehanno Lorgeoux, Provincial en Colombia de la Congregación de los Padres Eudistas, se firmó el 23 de abril de 1916 en Santa Rosa de Osos – Antioquia. El Seminario debió abrirse en una casa particular. Era una casa de familia, propiedad de la Señora Hermilda Abad de Puerta (donde hoy es la Casa Episcopal). 

La construcción del edificio para el nuevo Seminario se inició en el año de 1917, gracias al celo de su rector y constructor, el padre Pedro Buffet Haleux, que se las ingeniaba para conseguir recursos yendo a los pueblos de la Diócesis a realizar colectas. En 1919, el personal del Seminario pudo tomar posesión del nuevo local. Este edificio levantado en un terreno ubicado en el sector “El Alto”, estuvo utilizable en menos de dos años. 

En 1952 sobrevino la “fatídica visita” apostólica del Excelentísimo Señor Fray Hilario Alberts, un alemán recio y exigente, que levantó un minucioso informe sobre el Seminario. Dos años más tarde se conocieron los resultados de su visita y sus conclusiones adversas porque al Seminario no le encontró estructura académica y formativa favorable ni mucho menos un edificio de acuerdo con las normas de la Sagrada Congregación para Seminarios y Universidades. 

En noviembre de 1955 se cerró definitivamente el Seminario. Después de la salida de Jericó en 1956, el Seminario Mayor anduvo errante durante 28 años por Santa Rosa de Osos, Medellín, La Ceja, La Universidad Pontificia Bolivariana de Medellín, hasta regresar a su casa en 1984, después del Decreto número 122 del Excelentísimo Monseñor Augusto Aristizábal Ospina, por medio del cual se estableció el Seminario Mayor San Juan Eudes en la Ciudad de Jericó. Seminario debió llegar a la Casa de Lisieux, ya que el edificio actual estaba en remodelación.